L'autopsie se fait en dualité, les médecins légistes sont soit requis par le procureur soit commis par le juge d’instruction. Le rapport d’autopsie comporte la signature des deux experts. Généralement l’un pratique l’autopsie pendant que l’autre prend les notes. Cela permet qu’au moins l’un d’entre eux soit présent durant le procès en Cour d’assise).

Il y a tout d’abord un examen radiographique du corps (avant l’ouverture du cadavre), il comporte obligatoirement un cliché du crâne, du thorax et de l’abdomen (= bassin). Cela peut mettre en évidence un projectile mais il peut aussi avoir un intérêt lorsqu’un cadavre n’est pas identifié (ex : matériel, prothèse qu’on peut relier à un dossier médical). Il peut avoir aussi une réalisation d’un scanner du corps entier ; il est utilisé dans des cas de polyfractures (ex : accident de la circulation, défenestration…) car il permet de faire une reconstitution en 3D de la structure osseuse. Tous les instituts médico-légal (IML) n’ont pas forcément de scanner et doivent transporter le corps vers le service d'imagerie médicale de la ville. Le scanner a des limites car il peut y avoir des artefacts dus à la décomposition et le scanner sur le scanner sur le cadavre se fait sans l’injection du produit de contraste (utile pour la visualisation des organes). 

l’examen extérieur du corps : on va relever toutes les lésions (ecchymoses, abrasion…), les cicatrices et les tatouages, on les situe et on prend les mesures pour pouvoir les reporter sur un schéma.

l’examen interne du corps : 

• le temps crânien : On fait une incision large en arche d’une oreille à l’autre avec le scalpel (incision bi-temporale passant par le vertex). Ensuite à l’aide d’une pince et d’un scalpel, on décolle et rabat le cuir chevelu pour exposer la voûte crânienne. On scie cette dernière à l’aide d’une scie vibrante pour accéder à la dure-mère. On extrait ensuite l’encéphale (cerveau + cervelet) et on le sectionne au niveau du tronc cérébral. 
• le cou : On fait une incision mento-pubienne verticale et une incision biacromiale horizontale (d’une épaule à l’autre). On peut apercevoir des vaisseaux : les carotides et les veines jugulaires. Elles sont au nombre de deux car il y a deux hémisphères. Ces vaisseaux sont examinés avec minutie dans les cas de strangulations car ces vaisseaux sont compressés et des oedèmes apparaissent. On s’intéresse ensuite au niveau du coup (= examen du larynx) car on peut remarquer une fracture du larynx en cas de compression puissante. 
• le temps thoracique : la cage thoracique ne permet pas de voir l’intérieur car les côtes sont solidarisées par les muscles intercostaux. Il faut donc dégager le plastron sterno-costal (sternum + cartilages costaux). Pour cela, on découpe les côtes à l’aide d’un costotome le long de la jonction entre l’arc antérieur et postérieur. On peut alors voir les poumons et le cœur.  Il y a un poumon droit qui comporte trois lobes et un poumon gauche qui comporte deux lobes. On doit examiner dans son ensemble l’arbre trachéobronchique afin de vérifier s’il n’y a pas un corps étranger, un oedème en cas de noyage ou des traces de suie en cas d’incendie car il y a inhalation de fumée (ça démontre que la personne est morte au cours de l’incendie). 
• le temps abdominal : les viscères se trouvent dans un sac appelé le péritoine, pour accéder aux organes, il faut ouvrir le péritoine avec des ciseaux et on peut voir le foie, la rate, les reins, l’estomac et l’intestin. 
• On peut faire des crevées au niveau des masses musculaires (ex : sur les bras, les jambes ou le dos) à la recherche d’ecchymoses profonds qu’on ne peut pas voir à l'extérieur du corps.

Les organes sont sortis du corps, pesés, et disséqués. 

On va prélever des liquides : le sang cardiaque, le contenu de l'estomac, l’humeur vitrée (= liquide transparent qui se trouve dans l'œil), le liquide biliaire et les urines afin de procéder à des analyses toxicologiques. Ces liquides sont recueillis de façon systématique.

On peut également faire des examens anatomopathologiques : on prend des fragments de peau, de viscères (foie, rein, cœur et poumon) qu’on met dans un liquide (formol) afin d’apprécier l’agonie de la victime. On peut également prélever l'encéphale (cerveau et cervelet), le larynx voir le cœur dans son entier pour l’enquête.  En ce qui concerne le cerveau qui est très aqueux et fragile, il faut le plonger dans du formol qui va densifier le cerveau ; ça va permettre à l'anatomopathologiste de pouvoir faciliter la dissection.

Le rapport est constitué de schémas et des conclusions du médecin légiste à la suite de l’autopsie.  A travers l’autopsie, il faut trouver la cause de la mort, il faut démontrer si les lésions sont mortelles et si oui, lesquelles ont contribué à la mort de la victime. Ça permet également de trouver des traces matérielles du crime (ex : traces sous les ongles) et de trouver la trajectoire des blessures. 

L’intérêt de l’autopsie est de recueillir des données médico-légales objectives qui repose sur des expertises effectuées sur le corps de la victime. L’autopsie est indispensable, elle est objective et ne changera pas avec le temps. Elle permet un argument important à la Cour d’assise et dans les procédures criminelles.

Le scanner qui sert de façon démonstrative : il permet de reconstituer en 3D l’ensemble des fractures osseuses. Il peut aussi permettre de détecter du gaz dans le corps ailleurs que dans le poumon (ex : il peut révéler du gaz dans les vaisseaux chez un corps noyé). Il peut mettre en évidence des corps étranger (projectiles) mais pas le trajet de ce dernier dans le corps. Le scanner avant une autopsie peut être envisageable, mais cela ne supplante pas l’autopsie qui reste incontournable. 

L’IRM permet une visualisation de l’eau ou d’un organe plein.

Après l’autopsie, le corps doit être reconstitué. On met les organes dans un grand sachet qu’on remet dans le corps. Après cette reconstitution, le corps de la famille peut le voir sur autorisation du magistrat. La reconstitution est impossible sur le cadavre calciné et les corps décomposés.