Dans ce stade, la pensée est dominée par des explications surnaturelles et religieuses. Les phénomènes naturels sont expliqués par l'intervention de divinités ou de forces surnaturelles. Les croyances et les superstitions sont prédominantes, et la recherche de causes naturelles est absente. Soulignons pourtant que ce stade est nécessaire selon Comte puisque la théologie, « point de départ de l’intelligence humaine", éveille l’esprit et le conduit sur la voie de la connaissance, et ce en le rendant curieux et en l’amenant à poser des questions : « pourquoi », « d’ou », « comment ». Sans questions, il n'y aurait pas de sciences. 

Dans ce stade, la pensée se tourne vers des explications plus abstraites et conceptuelles. Les concepts tels que l'âme, l'esprit, la nature humaine, etc. sont utilisés pour expliquer les phénomènes naturels. Les croyances et les superstitions sont toujours présentes, mais la recherche de causes plus rationnelles commence à émerger. Les questions philosophiques sur l'existence, la réalité et la nature de l'homme sont prédominantes dans ce stade.

Dans ce stade, la pensée abandonne les explications surnaturelles et abstraites pour se concentrer sur les faits concrets et les observations empiriques. Les phénomènes naturels sont étudiés de manière scientifique, en utilisant la méthode expérimentale et en cherchant des lois et des régularités. La recherche de causes et de finalités se fait désormais à travers l'observation et l'expérimentation. Dans ce stade, la pensée se base sur des faits vérifiables et évite les spéculations métaphysiques ou théologiques.