Anomalies du au nombre de chromosomes ( anaploïdie, triploïdies ), à la structure ( recombinaison inégale ) et microdélétions

Lésions touchant 1 a quelques centaines Pb :

• mutations ponctuelles
• deletions/ duplications/ insertion
• Mutations instables
• Inversion/ multiplication de gene

Macro lésion —> étude pangénomique ( cytogénétique ) : FISH, CGH, caryotype, painting

Microlésions —> génétique moléculaire : PCR, séquençage, clonage, NGS ( séquençage pangénomiqiue )

Lésions constitutionnelles / germinales : Néomutation donc pas présente chez les parents qui survient dès le debut du développement du zygote et sera donc present dans tout l'organisme y compris les C germinales.

Lésions acquises / somatiques : Lésion qui est apparue apres la différenciation des C. Pas transmissibles à la descendance.

Les polymophismes sont indispensables a la vie, voici ≠ types qui ont été caractérisés :

• SNPs : polymorphismes de substitution
• Polymorphismes de repetion
• CNVs : variation du nombre d'exemplaires contigus de grans segements génomiques

Les mutations :

• Substitutions : 70% des mutations, remplacement d'un nucleotide par un autre. Selon 2 modes : transition ( remplacement purines <—> purines ou pyrimidines <—> pyrimidines ) ou transversion
• Insertions / del : de un a centaines de nucléotides. reparation incomplete de lesion de l'ADN
• anomalies de methylation : Le gene ne peut pas être transcrit si les promoteurs ( ilots CpG ) sont methylés. Cela engendre une expression monoallelique. ( ex de pathologie : l'absence de l'expression de 15q11-q13 paternel —> syndrome Pader-Willi et maternel —> syndrome d'Angelman)
• Mutations instables : dans les regions a repetitons, tendance importante a la modification du nombre de base surtout dans la phase pré-méiotique ( transmission a la descendance ). Le nombre de motif peut varier au moment d cela mitose mais si > au seuil, alors instabilité et on parle de puation complète, un dysfonctionnement pares > mathylation > absence d'expression.

Les consequences des microlésions et impacts sur les modes de transmission

• Impact fonctionnel au niveau de l'ARN m
• Impact fonctionnel au niveau de la protéine codée

Perte de fonction : effet délétère sur le plan qualitatif et/ou quantitatif. L'effet se manifeste lorsque le niveau résiduel de la protéine passe en dessous d'un seuil. cause majoritaire des maladies recessives. ⚠️ En cas d'haloinsuffisance, la copie du gène sain n'est pas suffisant pour compenser l'autre.

Gain de fonction : acquisition d'une nouvelle fonction délétère. Cause majoritaire de maladies dominantes et produit un effet dominant négatif

Le syndrome de Pader-Willi, dans 70% des cas = deletion locus paternel, methylation chromosome maternel. Dans 28% des cas disomie uniparentale.

Conséquences en sequence codante

Cas des substitutions :

• "faux sens" : codon muté code pour un autre AA. Souvent polymorphe mais peut avoir effet deletere ( gain/pert )
• "non-sens" codon luté donne un codon STOP. Souvent délétère ( perte ou gain de fonction )
• "synonyme" : Le codon muté code pour le meme AA
• "continuation" : le codon STOP est muté, la transduction continue.

Cas des insertions/deletions :

• multiples de 3 nucléotides : pas de décalage du cadre de lecture. Toléré ou délétère.
• Non multiples de trois nucléotides : décalage du cadre de lecture. Généralement pathogéne ( gain ou perte de fonction )

Conséquences en sequence non codante

Les sequences NC = 95% du genome. Comporte des sequences régulatrices essentielles. Donc possiblement effet deletere sur la regulation de la transcription, maturation ARNm, stabilité de l'ARNm.

Moins utilisé car connaissance d'un grand nombre de maladie résultant de mutation, cependant :

• Le gene responsable de la maladie n'est pas identifié : le gene a été localisé dans le génome mais pas identifié
• Le gene responsable de la maladie est identifié mais :
• aucune mutation n'a été identifié pour cette pathologie chez les patient,
• DPI pour savoir si le gene muté a été transmis ou pas
• recherches de deletiojs, gros rearrangements, maladies a triplets

Les prérquis :

• avoir un enfant atteint : idd alleles associés au gene muté
• connaitre marqueurs génétiques : il ne faut pas qu'il soit present chez les 2 parents
• Liaison génétique étroite
• absence de certitude. Le résultat est toujours une probabilité

Facteur pouvant entrainer une erreur de diagnostic :

• Fréquence de recombinaison entre gène et marqueur
• Erreur de paternité
• Neomutation

Il faut differencier les cas simples ( mutations uniques, peu nombreuses, récurrentes, sur de petits genes ) des cas difficiles ( cas les plus courants, mutation majoritaire, mutations multiples non récurrentes, heterogénétité génétique ).

• Calculer la penetrance ( proba de posseder le phenotype associe au génotype )
• L'expressivité : variation de phenotype pour un meme genotype
• Controler la phase : verifier si les deux mutations présentes sont localisés sur le meme chromosomes.
• Rechercher aspect délétère : grace a une banque de données
• Attention : faux négatif à cause de la couverture de mutation ( = recherche de mutation les plus fréquentes pour une maladies donnée )