La PCR nichée, ou Nested PCR, est une technique spéciale de la PCR classique. Elle est utilisée pour amplifier un fragment d'ADN très spécifique, même quand il est rare ou difficile à trouver parmi d'autres ADN.
PCR (Polymerase Chain Reaction)
Une technique qui permet de fabriquer de très nombreuses copies d'un fragment d'ADN précis à partir d'un petit échantillon.
Amorce (Primer)
Un petit morceau d'ADN qui se fixe au début et à la fin de la séquence d'ADN que l'on veut copier, pour indiquer à l'enzyme où commencer.
Spécificité
La capacité d'une technique à cibler et à amplifier uniquement le fragment d'ADN désiré, sans copier d'autres fragments non voulus.
Amplification non spécifique
La copie accidentelle de fragments d'ADN qui ne sont pas ceux que l'on cherche, ce qui peut fausser les résultats.
ADN cible
Le fragment d'ADN précis que l'on souhaite copier et étudier.
Qu'est-ce que la PCR nichée ? 
La PCR nichée est une version améliorée de la PCR. Son but principal est d'augmenter la spécificité, c'est-à-dire de s'assurer que seul l'ADN que l'on veut est copié. Elle est très utile quand l'échantillon contient beaucoup d'ADN différents ou très peu de l'ADN que l'on cherche.
Comment ça marche ? Les deux étapes de la PCR nichée 
Première PCR : amorces externes 
La PCR nichée commence par une première réaction de PCR, comme une PCR classique. On utilise une première paire d'amorces, appelées «amorces externes». Ces amorces se fixent sur des régions un peu plus larges autour de l'ADN cible. Cette première étape permet de copier l'ADN cible, mais aussi parfois des fragments d'ADN non spécifiques qui ressemblent un peu à l'ADN recherché.
Deuxième PCR : amorces internes 
Le produit de la première PCR (le mélange d'ADN copié) est ensuite utilisé comme point de départ pour une deuxième PCR. Cette fois, on utilise une deuxième paire d'amorces, appelées «amorces internes». Ces amorces internes se fixent à l'intérieur de la séquence amplifiée par les amorces externes, mais seulement sur l'ADN cible. Si des ADN non spécifiques ont été copiés lors de la première étape, il est très peu probable que les amorces internes puissent s'y fixer. Cela garantit que seule la séquence d'ADN que l'on veut vraiment est copiée, et le produit final est plus court et beaucoup plus spécifique.
Pourquoi utiliser la PCR nichée ? 
La PCR nichée est choisie pour sa grande précision. Elle permet de détecter des fragments d'ADN très rares ou de s'assurer qu'on ne copie pas d'ADN indésirable. Par exemple, elle est utilisée pour identifier des virus difficiles à trouver ou pour améliorer la détection d'ADN dans des échantillons complexes.
A retenir :
- La PCR nichée utilise deux PCR successives pour une meilleure spécificité.
- La première PCR utilise des amorces externes pour une amplification initiale.
- La deuxième PCR utilise des amorces internes qui se fixent à l'intérieur du produit de la première PCR.
- Cela réduit l'amplification d'ADN non spécifique et rend la détection plus fiable.
- Le produit final de la PCR nichée est plus court et très spécifique à l'ADN recherché.
- Elle est utile pour détecter des cibles rares ou dans des échantillons complexes.