Certains micro-organismes ont des rôles positifs pour l'environnement et pour les êtres humains. Par exemple, les bactéries du sol aident à décomposer la matière organique et à recycler les nutriments. Dans le corps humain, les bactéries présentes dans le microbiote intestinal sont essentielles pour la digestion, la production de vitamines et la protection contre les agents pathogènes.

D'autres microbes peuvent être nocifs pour la santé humaine et provoquer des maladies. Ces agents pathogènes incluent des bactéries comme Escherichia coli et Salmonella, qui peuvent causer des infections alimentaires, et des virus comme ceux de la grippe qui infectent le système respiratoire.

Le corps humain dispose de plusieurs barrières pour empêcher l'entrée de micro-organismes nocifs. La peau agit comme une barrière physique, tandis que des sécrétions telles que le mucus et les larmes contiennent des enzymes qui détruisent les microbes.