La rhizosphère - S. UROZ

Plus on descend dans le sol, plus pH augmente, O2 diminue et ressources nutritives également.

Virus sont les plus nombreux dans les sols, mais en biomasse totale, ce sont les bactéries (nématodes et protistes aussi).

En taille moyenne des génomes, ce sont les nématodes qui ont les génomes les plus gros.

En nombre total de gène, on trouve surtout les champignons, puis bactéries et virus.

Sol environnant = ensemble d’interface

Phyllosphère : feuilles

Endosphère = intérieur des tissus

Spermosphère : graines

Rhizosphère/mycorhizosphère : racines de plantes colonisée par bactérie/chmp

Le rhizoplan = surface de la racine après lavage et élimination du sol. Rizosphérique, c'est la véritable interface sol racine.

Endo rhizosphère = tissu racinaire colonisé par la microflore rhizosphérique

mycorhizosphère = zone de sol soumise à l'influence des racines mycorhizé

phyllosphere = surface des feuilles colonisés par la microflore

mycosphère = zone de sol soumise à l'influence des champignons

minéralosphère = zone d'influence des minéraux

Mycorhyze = organe résultatnt de l’assoc. Symbiotique entre racine d’une plante et hyphes d’un chp mycorhizien.

Relation entre systme racinaire et carpophore : jusqu’a plusieurs dizaines de metres

Accés aux ressources nutritive du milieu, aide à la santé et croissance des arbres.

Carbone prélevé par le hêtre, champignon peut le donné à l’épicea : lien entre arbre via les champignons.

Au cours de la vie d’un arbre, communauté microbienne évolue dans le temps.

Communauté bactériennes : autotrphes (CO2 N2 NO3) et hétérotrophes (Mat. Orga).

Etat des lieux :

Faible fraction cutlivable :

• moins de 1% des bactéries du sol sont cultivables
• sur représentation de certains genre
• sous représentation de certaines division

Les méthodes moléculaires

• taille et représentativité des échantillons
• ADN libre (organismes morts) dans le sol
• Méthodes d'extractions et purif ADN : ce que nous apportent le dvlt des méthode de seq haut débit
• Protéomique = seq génomique nécessaire

Exemple d'approche polyphasique :

Echantillon du sol :

> Moléculaire

• extraction ADN/ARN
• Seq direct ADN et ADNc
• quantification qPCR
• PCR sur marqueurs
• Dvlt de sondes spécifiques

>Hybridation

• étalement sur milieu de culture
• comptage et isolement
• caractérisation taxonomique
• potentiel fonctionnel
• dvlt de sondes spé

Hypothèse : la vie commune entre plantes et mo conduit à une co-évolution (santé, stabilité) = homéostasie.

Analyse en composante princiaple : voir diapo.

1 exemple :

33% = représente pH

33% : variance qui explique au mieux l’effet sur ech. (car % le plus haut).

Mais de base 15 et 33% on ne sait pas vraiment ce que c’est, c’est l’analyse de variance qui va identifier plusieurs plan et ensuite c’est celui qui analyse le jeu de donné qui va relié un axe a un facteur. (ici pH). Le but n’est pas de chercher a savoir ce qu’est axe 1 et 2 qualitativement. Ici on sait que l’axe 1 (33%) de la variance c’est le pH.

2 exemple

Echantillons qui provienne du sol non rhizo (grape du haut), se regroupe, marron : physiquement distant de toutes les plantes. = sol différent de la rhizo quel que soit la plante.

En revanche si on s’intéresse a la pante et exudtat consomé (partie basse) : la luerne a un microbiome marqué au C13 est différents du sol et des autres especes. Le microbiome rhizo de ces trois plante sont assez similaire, luzerne se singlularise des autres plantes.