📘 PARTIE 1 — Les Champignons : un taxon à part

🔸 Définitions importantes

• Champignons = Mycètes = Fungi
• Ce n’est pas un groupe végétal ni animal, mais un groupe à part entière.
• Ce sont des Eucaryotes hétérotrophes.

🔸 Caractéristiques des champignons

🔸 Grandes découvertes / figures historiques

• Jean-Jacques Paulet (1740-1826) : début de la mycologie
• Robert Whittaker (1969) : reconnaît le règne des Fungi
• Années 1990 : biologie moléculaire révolutionne la classification

🔸 Comparaison avec autres règnes

📘 PARTIE 2 — Structure et physiologie des champignons

🔸 Organisation de l’appareil végétatif

🔸 Détail de l’hyphe

• Croissance apicale : extension par l’extrémité.
• Paroi en formation (apex plastique) suivie de paroi consolidée (rigide).
• Présence de septas, parfois de structures spécialisées comme le dolipore chez les Basidiomycètes.

🔸 Mode de nutrition : par absorption

Les champignons :

• Sécrètent des enzymes qui dégradent la matière organique environnante.
• Absorbent ensuite les nutriments digérés.
• Peuvent dissoudre le substrat (ex : bois, débris végétaux, animaux…).

Exemple visuel :

• "Ronds de sorcières" : cercle de croissance du mycélium dans la nature.

🔸 Métabolisme secondaire

• Production de métabolites spécialisés (autrefois dits "secondaires") :
• Antibiotiques (ex : pénicilline),
• Toxines,
• Pigments,
• Molécules signal.

🧪 Ces substances ont une importance biotechnologique (pharmaceutique, agroalimentaire, etc.)

⚠️ Passages en lien avec le TP

• Page sur les types d’hyphes (septés vs coenocytiques) : 🧪 important pour reconnaître les grands groupes fongiques en TP.
• Organisation des hyphes et croissance apicale : vue au microscope dans certains TP.
• Nutrition par absorption et métabolisme secondaire : importants pour expliquer la dégradation des milieux de culture en TP (ex : boîte de Pétri avec substrat digéré).

📘 PARTIE 3 — Les modes de vie des champignons

Les champignons ont des modes de vie très diversifiés, qui s’articulent autour de trois grands axes :

1. Saprotrophie (décomposition)
2. Parasitisme
3. Symbiose

🍂 1. SAPROTROPHIE (ou saprophytisme)

Champignons détritivores : décomposent la matière organique morte (bois, feuilles, animaux morts…)

🐜 D. Symbiose avec animaux

• Fourmis champignonnistes
• Termites cultivateurs de champignons

⚠️ Passages en lien avec les TP

• Diapositive 2 et 4 : Trichoderma, Rhizopus, Pleurotus — souvent cultivés ou observés en TP.
• Diapositive 6 à 8 : Botrytis, Aspergillus, Candida — champignons pathogènes vus en culture ou en microscopie.
• Diapositive 17 à 22 : lichens — parfois étudiés en TP (formes morphologiques).
• Diapositive 23 à 29 : mycorhizes et symbioses racinaires, très importantes pour les TP et les QCM.

📘 PARTIE 4 — Reproduction des champignons

Les champignons possèdent une reproduction très variée, pouvant être sexuée, asexuée ou parasexuelle.

🔹 Reproduction asexuée

• Conidiocystophores : structures portant des conidies (spores asexuées).
• Aspergillus : conidiocystophores terminés en boule.
• Penicillium : en forme de pinceau.
• Conidies : spores formées exogènement par mitose.
• Sporulation mitotique :
• Endogène : spores formées à l’intérieur.
• Exogène : spores émises à l’extérieur du sporocyste.

🧪 Souvent observées en TP : Penicillium et Aspergillus sont des modèles classiques en culture.

Chez de nombreux champignons, une phase dicaryotique (n+n) persiste longtemps avant la caryogamie (notamment chez les Ascomycètes et Basidiomycètes)

🔸 Exemples à connaître

🌰 Rhizopus stolonifer (Mucoromycète, ex-Zygomycète)

• Zygospores : issues de la zygogamie
• Progamétocystes + et - fusionnent → gamétocystes → zygospore.
• Forme asexuée : conidiophores.

⚠️ 💥 Cycle vu en TP : à connaître.

🍊 Aleuria aurantia (Ascomycète)

• Reproduction sexuée : formation de asques dans un ascome en forme de coupe (apothécie).
• Reproduction asexuée : conidies.
• Caryogamie → méiose → mitose → 8 spores par asque.

⚠️ 💥 Cycle vu en TP : à bien maîtriser.

🍄 Coprinus sp. (Basidiomycète)

• Basides portent les basidiospores sur des stérigmates.
• Phase dicaryotique longue → caryogamie → méiose.
• Croissance du sporophore → hyménium sur lamelles.

⚠️ 💥 Cycle vu en TP : très important.

🔸 Autres notions utiles

⚠️ Passages liés aux TP

• Diapositive 5–8 : Cycle de Rhizopus, avec zygospores → 💥 TP
• Diapositive 12–15 : Aleuria aurantia → cycle, structure apothéciale → 💥 TP
• Diapositive 19–22 : Coprinus sp. → cycle complet, baside, stérigmate, hyménium → 💥 TP
• Diapositive 24–26 : Diversité des hyménophores (important en observation microscopique)

📘 PARTIE 5 — Phylogénie des champignons

🔸 Position générale

Les champignons forment un règne à part parmi les Eucaryotes :

• Groupe monophylétique (tous issus d’un ancêtre commun unique).
• Appelés Eumycètes (vrais champignons), à distinguer des Oomycètes (non-fongiques, proches des algues brunes).

⚠️ Phytophtora infestans, responsable de la famine en Irlande, est un Oomycète, donc pas un vrai champignon.

🔹 Caractéristiques du règne fongique

🔹 Diversité fongique

Estimation actuelle : 2,2 à 3,8 millions d’espèces fongiques dans le monde (Hyde et al. 2020).

🔸 L'arbre phylogénétique des champignons (à retenir)

🌱 Groupes principaux à retenir absolument

🧠 Les Ascomycètes et Basidiomycètes sont les seuls à avoir une phase dicaryotique (n+n) longue → important pour les cycles de reproduction.

🔸 À propos des grands groupes

🔹 Chytridiomycètes

• Champignons les plus primitifs.
• Zoospores à flagelle postérieur.
• Exemple : Chytridium, Allomyces.

🔹 Blastocladiomycètes

• Proches des chytrides.
• Cycle de vie avec alternance de générations.
• Exemple : Allomyces arbusculus → ⚠️ TP mentionné dans les diapos.

🔹 Mucoromycètes

• Anciennement appelés "zygomycètes".
• Hyphe coenocytique (= siphonné).
• Reproduction sexuée par zygospore.
• Exemple : Rhizopus nigricans (moisissure du pain) → 💥 Cycle vu en TP

🔹 Gloméromycètes

• Spécialisés dans la symbiose avec les racines (endomycorhizes).
• Non cultivables en dehors de la plante hôte.
• Très fréquents dans les TP liés aux racines et mycorhizes.

🔹 Ascomycètes

• Plus grand groupe (~40 000 espèces).
• Spores formées dans des asques.
• Ascome = apothécie, périthèce, cléistothèce.
• Exemples : Aleuria aurantia, Aspergillus, Saccharomyces, Claviceps purpurea, truffes.

🔹 Basidiomycètes

• Spores portées par des basides (souvent sur lamelles ou pores).
• Grande diversité morphologique.
• Exemples :
• Coprinus sp. → 💥 Cycle en TP
• Amanita muscaria, Boletus sp., Puccinia, Ustilago.

⚠️ Passages liés aux TP

• Diapo 17 à 19 : Cycle d’Allomyces arbusculus (Blastocladiomycète) → vu dans les schémas TP.
• Diapo 20 : Rhizopus nigricans → 💥 TP sur moisissure et zygospore
• Diapo 23 à 28 : Représentation des groupes à phase dicaryotique (Aleuria, Coprinus) → ⚠️ utile pour comprendre les cycles TP.
• Diapo 27 : Basidiomycètes (rouilles, charbons, champignons supérieurs) → ceux vus dans les TP cycle Coprin

📘 PARTIE 6 — Les cycles de vie des champignons

🔸 Principes généraux

Il existe trois grands types de cycles :

📊 Schéma général (d’après "Lecture cycles de vie.pdf")

Étapes clés à retenir :

1. Plasmogamie (fusion des cytoplasmes)
2. Dicaryose (n+n) → uniquement chez Ascomycètes et Basidiomycètes
3. Caryogamie (fusion des noyaux) → formation du zygote (2n)
4. Méiose → formation des spores sexuelles haploïdes (n)
5. Mitose (asexuée) → production de mitospores (dans certaines conditions)

🔬 CYCLES VUS EN TP (💥 = très important)

💥 CYCLE 1 : Rhizopus stolonifer (Mucoromycète)

📎 Fichier : Cycle vie Rhizopus.pdf

• Cycle haplophasique monogénétique
• Reproduction sexuée : formation de zygospore.
• Type sexuel + et - → progamétocystes → gamétocystes → fusion → zygospore.
• La zygospore (2n) subit méiose, puis redonne des spores haploïdes.

🔁 Asexuée :

• Conidiophores → conidies (mitospores).

📌 À retenir :

• Hyphe coenocytique (siphonné)
• Zygospore = cellule de résistance

🔬 ⚠️ Vu en TP : reconnaissance du cycle, des spores, et de la morphologie

💥 CYCLE 2 : Aleuria aurantia (Ascomycète)

📎 Fichier : Cycle aleuria.pdf

• Cycle haplophasique avec phase dicaryotique
• Plasmogamie → dicaryon (n+n) → formation d’un ascome (apothécie).
• Caryogamie dans les asques → zygote (2n) → méiose → mitose → 8 spores dans chaque asque.

🔁 Asexuée :

• Conidiophores → conidies (exogènes)

📌 À retenir :

• Ascome = apothécie en coupe
• Asques visibles au microscope

🔬 ⚠️ Vu en TP : observation des asques et spores

💥 CYCLE 3 : Coprinus sp. (Basidiomycète)

📎 Fichier : Cycle coprin.pdf

• Cycle haplophasique avec phase dicaryotique longue
• Plasmogamie → dicaryon (n+n) → mycélium dicaryotique
• Formation de sporophore (chapeau, lamelles)
• Caryogamie dans les basides → zygote (2n)
• Méiose → 4 basidiospores (n) portées par stérigmates

📌 À retenir :

• Présence de boucles de clamp (connexions entre hyphes)
• Basides = cellules fertiles des lamelles
• Stérigmates = prolongements portant les spores

🔬 ⚠️ Vu en TP : coupe de chapeau, basides et spores